In the Flesh (In Fleisch und Blut)

Die Crew der Voyager entdeckt einen Planeten, auf dem eine Alienrasse, die menschliche Form angenommen hat, eine Simulation des Sternenflotten-Hauptquartiers in San Francisco nachbildet, um den Kampf gegen die Föderation zu simulieren. Chakotay und Tuvok ermitteln verdeckt auf dem Planeten und stellen fest, daß es sich um Spezies 8472 handelt, die eine Invasion der Föderation im Deltaquadranten erwartet und sich daher auf einen Angriff gegem die Erde vorbereitet. Chakotay lernt eine als Sternenflottenoffizierin auftretende 8472-Frau kennen und begibt sich zu einem Rendezvous mir ihr, um sie auszuspionieren. Die beiden kommen sich näher, doch Chakotay wird als echter Mensch entlarvt, gefangengenommen und vom Sternenflottengärtner Boothby verhört, der sich als Anführer der Aliens zu erkennen gibt. Janeway kann Spezies 8472 überreden, Verhandlungen auf der Voyager zu führen, während deren Verlauf sie klarmacht, daß die Sternenflotte keine Bedrohung für die Spezies darstellt, ja nicht einmal von ihrer Existenz Kenntnis hat, und die beiden Verhandlungspartner trennen sich im Frieden. Die 8472-Frau gesteht Chakotay, wie schade sie es findet, daß ihre beiden Spezies so wenig kompatibel sind.

Timeless (Temporale Anomalien)

15 Jahre in der Zukunft treffen sich Harry Kim und Chakotay, die als einzige - im Deltaflyer - den Voyager-Crash überlebt haben. Dank der Technologie des 'Slip Stream'  konnte die Voyager in den Alpha-Quadranten zurückkehren, ist jedoch dabei auf einem Eisplaneten abgestürzt und Kim fühlt sich dafür verantwortlich, da er sich damals für die Verwendung dieser Technologie eingesetzt und Janeway überzeugt hat, den Versuch zu wagen.

Chakotay und Kim haben die Sternenflotte verlassen und sind nun in Begleitung von Chakotays Freundin Tessa auf der Flucht, da sie ein Shuttle und Borgtechnologie gestohlen haben, mit deren Hilfe sie hoffen, den Absturz in der Vergangenheit ungeschehen machen zu können. Im tiefgefrorenen Wrack der Voyager aktivieren sie den Doktor, mit deren Hilfe sie Daten in die Vergangenheit an Sevens Schädelimplantat senden, um den 'Slip-Stream'-Flug zu korrigieren bzw., als sie merken, daß dies nicht möglich ist, ihn zu verhindern. Die Sternenflotte, deren oberste Direktive (keine Veränderung der Vergangenheit) verletzt wird, läßt sie von einem Schiff der Galaxy-Klasse, der USS Challanger unter Captain Geordi LaForge verfolgen, der ihr Shuttle zerstört. Kurz zuvor gelingt es den beiden jedoch, die Vergangenheit - und damit auch die Zukunft - zu korrigieren und die Voyager zu retten.

The Fight

Die Voyager ist in einer Zone gefangen, die sich Chaosraum nennt und in der die physikalischen Gesetze keine Wirkung haben. Daher ist die Voyager in Gefahr, sich aufzulösen - die Schilde halten nur für begrenzte Zeit stand. Zur gleichen Zeit wird Chakotay das Opfer einer genetischen Defizienz und wird von Visionen überwältigt: In seinen Wahnvorstellungen glaubt er, ein Boxer des 24. Jahrhunderts zu sein, der gegen den Champion des Delta-Quadranten, Kid Chaos, antreten muß. Es stellt sich heraus, daß Chakotays Visionen (und seine Krankheit) von einer Lebensform hervorgerufen werden, die im Chaosraum lebt und keine andere Möglichkeit hat, mit fremden Lebewesen Kontakt aufzunehmen. Die Frage stellt sich, ob sie der Voyager helfen oder sie zerstören will. Alle Hoffnung liegt nun bei Chakotay, der zögert, sich seinen Visionen zu stellen aus Angst den Verstand zu verlieren und als verrückter alter Mann wie einst sein Großvater zu enden. Letztendlich geht er aber doch - nach dem Ritual seines Stammes - auf Visionensuche, bei der er seinen Großvater trifft, aber auch seinen Gegner im Boxring, der sich als die Lebensform des Chaosraums offenbart und Chakotay die Koordinaten und Daten übermittelt, die die Voyager benötigt, um aus dieser gefährlichen Zone herauszukommen.

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6. Staffel

Chakotay